Petrokimia Putra Gresik berdiri pada Jumat 20 Mei 1988. Pendirinya pihak manajemen PT Petrokimia Gresik. Sejak berdiri hingga sekarang, klub yang didanai pabrik pupuk PT Petrokimia Gresik tersebut telah lebih dari 15 tahun berkiprah di Divisi Utama Liga Indonesia. Banyak klub besar di Indonesia yang pernah satu kelas dengan Petro Putra kini tinggal nama alias almarhum. Misalnya, Bandung Raya Bandung, Niac Mitra Surabaya, Warna Agung Jakarta, Assyabaab Surabaya, Perkesa, BPD Jateng, dan lain-lain. Setidaknya ada beberapa hal penting yang bisa dicatat dalam perjalanan Petro Putra di dunia persepakbolaan nasional. Kiprah perdana klub ini mengikuti kompetisi pada era Galatama 1988-1989. Ketika itu, kompetisi sepakbola secara nasional ada dua kutub besar. Yakni, Galatama yang diikuti klub-klub semiprofesional dan perserikatan yang diikuti klub yang didanai dan dikelola pemda. Ketika kali pertama masuk Galatama, sebenarnya di Gresik ada klub perserikatan yang bertengger di Divisi Utama Perserikatan, yakni Persegres. Bahkan, sebagian pemain Petro Putra angkatan pertama adalah alumni Persegres. Ketika itu, antusiasme warga Gresik lebih condong ke Persegres daripada ke Petro Putra. Beberapa pemain angkatan pertama Petro Putra yang alumni Persegres, antara lain Sasono Handito (kiper), Ferril Raymond Hattu, Rubianto, Reno Latupeirissa, Karyanto, Abdul Muis, Masrukan, Lutfi, Hasan Maghrobi, Derry Krisyanto, dan lain-lain. Mereka di bawah pelatih Bertje Matulapelwa dengan asisten pelatih Hendrik Montolalu dan Slamet Haryono. Hendrik merupakan mantan kiper Niac Mitra Surabaya.
LIGA INDONESIA I TAHUN 1994/1995
Final Persib vs Petrokimia Gresik
Walaupun Kalah 1-0 oleh persib bandung Saat Liga Indonesia pertama digelar pada 1994/1995, Petrokimia Putra oleh banyak kalangan diberi gelar "juara tanpa mahkota". Sebab, di partai final Liga Indonesia di Stadion Bung Karno Jakarta, Petro yang saat itu di bawah besutan pelatih Andi Muhammad Teguh dengan asisten pelatih Ferril Raymond Hattu dan Bambang Purwanto kalah dari Persib Bandung dengan skor 0-1. Padahal, dalam pertandingan tersebut, Petro memasukkan gol lebih dulu melalui kaki Jacksen F Tiago. Namun, dianulir wasit tanpa alasan jelas.
Kiprah Petro Putra saat itu memang luar biasa. Petro ketika itu mendatangkan tiga pemain asing, yakni Derryl Sinnerine asal Trinidad and Tobaggo. Posisinya sebagai kiper. Lalu Carlos de Mello di posisi playmaker dan Jacksen F Tiago sebagai striker. Selain Jacksen dan Carlos, tim Petro melahirkan banyak bintang baru, seperti Widodo C Putra, Eri Irianto, dan Suwandi HS. Ketiganya kemudian jadi langganan masuk pelatnas PSSI.
Melalui perjalanan panjang, Petro berhasil menjadi jawara Liga Indonesia 2002. Prestasi tersebut mendobrak hegemoni klub klub kota besar di deretan utama persepakbolaan nasional. Biasanya jawara liga direbut tim-tim dari kota-kota besar dan secara tradisional memiliki kiprah dan prestasi sepakbola yang melegenda. Misalnya, Persebaya Surabaya, Persib Bandung, PSIS Semarang, Persija Jakarta, maupun PSM Makassar.
Berbeda dengan Liga Indonesia 1994/1995 yang menghasilkan kekecewaan mendalam bagi Petro, pada Liga Indonesia 2002 Petro dinaungi oleh dewi fortuna. Setelah di penyisihan menjadi kampiun Wilayah Timur, Squad yang ditukangi Sergei Dubrovin ini sempat berada di ujung tanduk dalam babak delapan besar Grup K yang digelar di kandang sendiri. Menang 3-0 dari Arema pada pertandingan pembuka, Petro ditaklukkan oleh Persipura 0-1. Dalam laga penentuan Petro kembali takluk dari Persita 0-1, sehingga mereka tinggal berharap Persipura dapat dikalahkan oleh Arema dengan skor tipis. Harapan mereka terkabul, gol Khusnul Yuli ke gawang Persipura membawa Petro ke semifinal.
Kiprah Petro Putra saat itu memang luar biasa. Petro ketika itu mendatangkan tiga pemain asing, yakni Derryl Sinnerine asal Trinidad and Tobaggo. Posisinya sebagai kiper. Lalu Carlos de Mello di posisi playmaker dan Jacksen F Tiago sebagai striker. Selain Jacksen dan Carlos, tim Petro melahirkan banyak bintang baru, seperti Widodo C Putra, Eri Irianto, dan Suwandi HS. Ketiganya kemudian jadi langganan masuk pelatnas PSSI.
Melalui perjalanan panjang, Petro berhasil menjadi jawara Liga Indonesia 2002. Prestasi tersebut mendobrak hegemoni klub klub kota besar di deretan utama persepakbolaan nasional. Biasanya jawara liga direbut tim-tim dari kota-kota besar dan secara tradisional memiliki kiprah dan prestasi sepakbola yang melegenda. Misalnya, Persebaya Surabaya, Persib Bandung, PSIS Semarang, Persija Jakarta, maupun PSM Makassar.
Berbeda dengan Liga Indonesia 1994/1995 yang menghasilkan kekecewaan mendalam bagi Petro, pada Liga Indonesia 2002 Petro dinaungi oleh dewi fortuna. Setelah di penyisihan menjadi kampiun Wilayah Timur, Squad yang ditukangi Sergei Dubrovin ini sempat berada di ujung tanduk dalam babak delapan besar Grup K yang digelar di kandang sendiri. Menang 3-0 dari Arema pada pertandingan pembuka, Petro ditaklukkan oleh Persipura 0-1. Dalam laga penentuan Petro kembali takluk dari Persita 0-1, sehingga mereka tinggal berharap Persipura dapat dikalahkan oleh Arema dengan skor tipis. Harapan mereka terkabul, gol Khusnul Yuli ke gawang Persipura membawa Petro ke semifinal.
ULTRAS GRESIK ( Tour Senayan 2002)
Pada babak Semifinal, Jawara Wilayah Barat dan Juara Grup K, Semen Padang sudah menunggu. Grafik Semen Padang yang tak terkalahkan di babak delapan besar berhasil dihentikan Petro melalui adu keberuntungan tendangan penalti, tiga pemain Semen Padang gagal menyarangkan bola. Di Final, tim yang juga tak terkalahkan sejak babak delapan besar, Persita Tangerang menghadang. Lagi-lagi keberuntungan berpihak pada Petro. Gol Ilham Jayakesuma di menit pertama berhasil dibalas lima belas menit sebelum babak kedua usai. Puncaknya, pada menit ketigaperpanjangan waktu Yao Eloi berhasil memastikan gelar juara jatuh kepada Petro.
Tahun 2003 pernah diadakan turnamen antar klub sepakbola Asean yang disponsori LG. Turnamen ini mempertemukan juara – juara negara Asean.
Indonesia diwakili Petrokimia Putra ( Juara Liga Indonesia 2002 ) dan Persita Tangerang ( Runner up Liga ).
Peserta lain ada Samart United ( Juara Liga Kamboja 2002 ), Finance and Revenue FC ( Juara Liga Myanmar ), Perak FA ( Juara Liga Malaysia ), Singapore Armed Forces FC ( Juara S- league ), DPMM FC ( Juara Liga Brunei ), Hoang Anh Gia Lai ( Juara Liga Vietnam ), Telecom and Transportation ( Juara Liga Laos ), Bec Tero Sasana FC ( Juara Liga Thailand ) dan Phillipine Army FC ( Juara Liga Filipina ). Ada satu klub undangan di turnamen ini, yaitu Kingfisher East Bengal FC ( India ).
Turnamen ini digelar di dua kota, Gresik dan Jakarta dari tanggal 13 – 26 Juli 2003. Disiarkan langsung oleh SCTV. Petrokimia bergabung dengan Samart United Kamboja dan Finance & Revenue FC Myanmar di Grup A. Hanya saja klub Myanmar ini akhirnya mengundurkan diri dari turnamen. Pertandingan Grup A hanya diadakan satu kali dan hasilnya Petrokimia berhasil menggasak Samart United 3 – 0 lewat gol legiun asingnya Rivaldo Costa ( 2 gol ) dan Danilo Fernando.
Petrokimia lolos sebagai juara grup sedangkan Samart walau kalah tetap lolos ke perempat final karena juara dan runner up grup berhak lolos ke perempatfinal.
Wakil Indonesia lainnya Persita Tangerang bergabung di Grup C Jakarta bersama Hoang Anh Gia Lai ( Vietnam ) dan Telecom & Transportation ( T & T Laos ). Pada pertandingan pertamanya Persita yang saat itu masih dihuni duet maut : Ilham Jaya kusuma dan Zaenal Arif mengalahkan Hoang Anh Gia Lai 2 – 1 lewat gol Ilham Jaya kesuma dan Anthony Jommah Ballah.
Pertandingan kedua Persita berhasil membenamkan wakil Laos, T & T, 5 – 1 lewat 4 gol Zaenal Arif dan satu gol Deddy Djunaedi. Dua wakil Indonesia berhasil lolos ke perempatfinal. Disana Petrokimia Putra ditunggu oleh Singapore Armed Forces FC ( Runner Up Grup B ) sedangkan Persita Tangerang dinanti Kingfisher East Bengal FC ( runner up grup D ).
Petrokimia Putra menunjukkan kelasnya sebagai juara liga dengan mengandaskan Singapore Armed Forces FC. Walau sempat tertinggal 2 gol terlebih dahulu lewat Jeyakanth Jeyapal menit 9 & 22. Tim asal kota Gresik ini bisa membalas lewat Rivaldo Costa menit 45 dan Aris Budi Prasetyo menit 58. Pada perpanjangan waktu Petrokimia Putra berhasil menambah gol melalui Danilo Fernando menit 112. Sedangkan nasib tidak baik dialami Persita Tangerang. Pada pertandingan yang sempat terhenti beberapa menit akibat pingsannya salah seorang pemain East Bengal, La Viola, juluka Persita, dikalahkan 1 – 2. Persita bisa mencetak gol lewat Ilham Jayakesuma menit 62 menyamakan kedudukan setelah sebelumnya ikon sepakbola India, Baichung Butia, membawa timnya unggul menit 53. Namun sayang pada menit 76 Bijen Singh bisa membobol gawang Persita. Rupanya Kingfisher East Bengal menjadi momok bagi klub Indonesia di turnamen ini karena kemudian bertemu Petrokimia Putra di semifinal. Dalam waktu normal pertandingan berakhir 1 – 1. Jaenal Ichwan mencetak gol bagi Petrokimia Putra menit 23 yang kemudian disamakan oleh Baichung Butia menit 58. Perpanjangan waktu skor masih tetap imbang. Pertandingan pun dilanjutkan dengan adu penalti. Disinilah akhir perjuangan Petrokimia karena kalah 7 – 6 dalam adu penalti. Partai final akhirnya mempertemukan Kingfisher East Bengal vs Bec Tero, sedangkan Petrokimia Putra berhadapan dengan Perak FA pada perebutan tempat ketiga. Petrokimia akhirnya bisa menuntaskan perjuangan mereka dengan menjadi juara 3 turnamen LG ini. Di perebutan tempat ketiga mereka bisa mengalahkan Perak FA dengan skor 3 – 0. Rivaldo Costa pada menit 35 dan dua gol Jaenal Ichwan menit 66 & 69 memberikan gelar bagi juara Liga Indonesia 2002 ini.
Petrokimia Putra menunjukkan kelasnya sebagai juara liga dengan mengandaskan Singapore Armed Forces FC. Walau sempat tertinggal 2 gol terlebih dahulu lewat Jeyakanth Jeyapal menit 9 & 22. Tim asal kota Gresik ini bisa membalas lewat Rivaldo Costa menit 45 dan Aris Budi Prasetyo menit 58. Pada perpanjangan waktu Petrokimia Putra berhasil menambah gol melalui Danilo Fernando menit 112. Sedangkan nasib tidak baik dialami Persita Tangerang. Pada pertandingan yang sempat terhenti beberapa menit akibat pingsannya salah seorang pemain East Bengal, La Viola, juluka Persita, dikalahkan 1 – 2. Persita bisa mencetak gol lewat Ilham Jayakesuma menit 62 menyamakan kedudukan setelah sebelumnya ikon sepakbola India, Baichung Butia, membawa timnya unggul menit 53. Namun sayang pada menit 76 Bijen Singh bisa membobol gawang Persita. Rupanya Kingfisher East Bengal menjadi momok bagi klub Indonesia di turnamen ini karena kemudian bertemu Petrokimia Putra di semifinal. Dalam waktu normal pertandingan berakhir 1 – 1. Jaenal Ichwan mencetak gol bagi Petrokimia Putra menit 23 yang kemudian disamakan oleh Baichung Butia menit 58. Perpanjangan waktu skor masih tetap imbang. Pertandingan pun dilanjutkan dengan adu penalti. Disinilah akhir perjuangan Petrokimia karena kalah 7 – 6 dalam adu penalti. Partai final akhirnya mempertemukan Kingfisher East Bengal vs Bec Tero, sedangkan Petrokimia Putra berhadapan dengan Perak FA pada perebutan tempat ketiga. Petrokimia akhirnya bisa menuntaskan perjuangan mereka dengan menjadi juara 3 turnamen LG ini. Di perebutan tempat ketiga mereka bisa mengalahkan Perak FA dengan skor 3 – 0. Rivaldo Costa pada menit 35 dan dua gol Jaenal Ichwan menit 66 & 69 memberikan gelar bagi juara Liga Indonesia 2002 ini.
Sedangkan dipartai final Kingfisher East Bengal mengalahkan Bec Tero 3 -1. Selain itu pemain mereka Baichung Butia meraih gelar Top Skor dengan 8 gol, diikuti oleh pemain Perak FA, Frank Seator dengan 5 gol dan Zaenal Arif 4 gol.
Namun sayangnya sampai dengan hari ini, turnamen yang mempertemukan juara – juara ASEAN ini belum pernah diselenggarakan lagi. 
Sayangnya gelar juara Liga Indonesia 2002 tersebut menjadi titik balik dari perjalanan panjang Petrokimia Putra. Setahun kemudian, Petrokimia harus mengakhiri kompetisi dengan lesu setelah terdegradasi ke Divisi I. Petro mengikuti jejak PSIS yang juara untuk kemudian terdegradasi pada musim selanjutnya. Bedanya usaha Petro untuk bangkit menemui kegagalan.
Pada awalnya penampilan Petro sempat meyakinkan dengan menjadi juara setengah putaran kompetisi. Tapi Petro kemudian terpelanting ke peringkat lima dan gagal lolos ke babak 6 besar. Di akhir musim, ada angin segar dari perubahan jumlah peserta Liga yang membuat Petro mendapat promosi gratis. Sayangnya hal tersebut semu belaka, Petro menghuni dasar klasemen dan kembali terdegradasi ke Divisi I. Belakangan, isu pembubaran dan penggabungan Petro dengan Persegres justru lebih mengemuka dibanding upaya untuk kembali mengangkat Petro kembali ke Divisi Utama.
Pada awalnya penampilan Petro sempat meyakinkan dengan menjadi juara setengah putaran kompetisi. Tapi Petro kemudian terpelanting ke peringkat lima dan gagal lolos ke babak 6 besar. Di akhir musim, ada angin segar dari perubahan jumlah peserta Liga yang membuat Petro mendapat promosi gratis. Sayangnya hal tersebut semu belaka, Petro menghuni dasar klasemen dan kembali terdegradasi ke Divisi I. Belakangan, isu pembubaran dan penggabungan Petro dengan Persegres justru lebih mengemuka dibanding upaya untuk kembali mengangkat Petro kembali ke Divisi Utama.